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Parmi les plus anciens documents sur le sujet, deux documents communaux datant respectivement de 1715 et 1733 et provenant des fonds de Pontacq (E dépôt Pontacq FF 3) et Monein (E dépôt Monein FF 17) évoquent succinctement ces pollutions.
Le premier mentionne le rejet de chaux dans un cours d'eau de Pontacq, amenant les jurats de la ville à se déplacer pour constater cet empoisonnement qui risque d'affecter les poissons et donc la pêche.
À Monein, des plaintes ont été déposées et les États généraux de la province ont statué afin d'interdire de jeter de la coque du levant dans les rivières.
Cette plante piscicide asiatique introduite en Europe était couramment utilisée par les braconniers afin de stupéfier les truites. Ils prenaient soin de vider les poissons immédiatement après la pêche. Malgré ces précautions, de nombreux cas d'intoxication furent toutefois à déplorer, ce qui a peut-être joué un rôle important dans l'interdiction de cette pratique.
Le XIXe siècle marque le début de préoccupations plus affirmées en matière de gestion et de contrôle des usages potentiellement problématiques et antagonistes de l'eau : industrie, agriculture, consommation. Malheureusement, l'information sur ce thème est en grande partie incomplète, du fait de la disparition de nombreux documents dans l'incendie de 1908 qui ravagea la préfecture. Les fonds d’archives communales viennent compléter ces manques.
Le préfet, est désormais chargé de mettre en place des mesures favorisant l'hygiène et la salubrité publique, l'eau de consommation courante accidentellement polluée étant identifiée comme un vecteur important de maladies.
Les archives communales d'Etsaut (E dépôt Etsaut 5 I 4) contiennent un courrier et un placard datant de l’été 1832, adressés par le Préfet à tous les maires du Département : le développement d'épizooties nécessite notamment que des mesures sanitaires soient prises concernant les zones d'abreuvage des bêtes, le traitement des cadavres d'animaux -parfois retrouvés dans les cours d'eaux- et le problème des rejets d'industries ou ateliers textiles qui procèdent notamment au rouissage, c'est-à-dire la macération du lin et du chanvre, dans les cours d'eaux.
À l’automne 1885, la ville de Biarritz connait des problèmes de pollution dans une fontaine, située rue d'Espagne. Des analyses réalisées par un laboratoire bordelais démontrent que l'eau est impropre à la consommation du fait de la présence de substances et bactéries pathogènes : "sels étrangers à l'eau potable qui attestent sa souillure par des infiltrations de fosses d'aisance, de purin ou de tout autre produit provenant de matières animales en putréfaction…". En conclusion, les scientifiques proposent de "la soustraire à ces influences nocives" précisant qu' "il est plus prudent de n'en point faire usage ni pour l'alimentation ni même pour les divers usages domestiques". Il s'agit donc pour les responsables locaux de trouver la ou les source/s de contamination de ce point d'eau et d'informer la population de sa dangerosité potentielle.
Les fonds de la préfecture montrent qu’une problématique différente se pose à Orthez en 1927 (5 M 33). Il est ici question de la gestion des "gadoues", des eaux usées, de la ville qui se déversent dans le Gave et le Grec. Il existe d'ailleurs, en dehors de la ville, un dépôt où "boues et immondices" sont vendues à des agriculteurs comme engrais. Il est précisé que la mise en tas, le tri et la vente sont assurés par le service de la voirie. Après tout, l'argent n'a pas d'odeur…
À l’aube du XXe siècle, les mesures pour encadrer la pollution produisent des documents plus homogènes pour retracer cette histoire, notamment dans la série M.
Au cours du XXe siècle, les activités industrielles potentiellement polluantes du département sont montrées du doigt.
Un arrêté préfectoral du 20 octobre 1906 stipule qu'il est "interdit de jeter, déverser ou laisser écouler soit directement ou indirectement dans le lit des cours d'eau des matières ou des liquides susceptibles de compromettre la salubrité publique et de rendre les eaux impropres à l'alimentation des hommes et animaux, à leur emploi aux usages domestiques, à leur utilisation pour l'agriculture ou l'industrie et enfin à la conservation du poisson."
La préfecture édite et diffuse largement les placards faisant état des établissements dangereux, insalubres, incommodes - 1920 (5 M).
En effet, la loi du 19 décembre 1917 concerne les "manufactures, ateliers, usines, magasins, chantiers et tous établissements industriels ou commerciaux qui présentent des causes de danger ou des inconvénients soit pour la sécurité, la salubrité ou la commodité du voisinage, soit pour la santé publique, soit encore pour l'agriculture". Ces établissements sont soumis à la surveillance de l'autorité administrative dans les conditions déterminées par la présente loi et classés en 3 catégories :
Chacune de ces entreprises se doit de constituer un dossier très documenté (détail des procédés mécaniques et chimiques utilisés, plans…) présentant l'organisation des infrastructures et les solutions de traitement ou évacuation des eaux. Selon ces critères détaillés, la préfecture donne, ajourne ou refuse l'autorisation d'implantation.
Après chaque demande, une enquête de commodo et incommodo est menée. Un avis sur l’installation de l’entreprise est ensuite donné.
À Pontacq, la tradition de tannerie pour la confection de chaussures est ancienne et les archives départementales conservent les documents des entreprises Tonon-Laburthe et Fouriscot des années 1920-1930 (5 M 94).
En juillet 1934, la direction de l'usine adresse une lettre au préfet en réponse à une demande préalable de renseignements émanant de la commission sanitaire de Pau. Il est ici question de techniques potentiellement polluantes telles le reverdissage (macération des peaux) et l'épilage à la chaux et à l'"ozonite", l'ozone étant un puissant oxydant et désinfectant qui remplacerait avantageusement le sulfure de sodium, très corrosif, toxique et accessoirement nauséabond. À tout ceci viennent s'ajouter les résidus des divers produits de curage des bassins de rinçage, les produits d'épilage produisant une bourre humide et ceux servant à l'écharnage ou jus de tannage. Certains de ces résidus sont récupérés et utilisés comme engrais, d'autres revendus à des fabricants de colle. Enfin, il est prévu que les jus tannants soient rejetés dans des bassins de décantation et non déversés dans l'Ousse, qui traverse la ville.
Quelques mois plus tard, le dossier d'un nouveau projet de remplacement de l'ancienne usine de tannage arrive en préfecture. La commission sanitaire stipule que le déversement dans l'Ousse fera l'objet d'une enquête spéciale. Il est intéressant de remarquer la note au crayon figurant sur le courrier : "par qui ?"
Enfin, un arrêté préfectoral du 26 décembre 1934 autorise l'usine à fonctionner sous conditions : il faut que la chaux seule soit utilisée pour l'épilage des peaux et non la technique de l'ozonite détaillée plus haut, peut-être du fait de sa trop forte toxicité.
Dans les années 1970 à 2000, de vastes chantiers s'ouvrent dans les Pyrénées-Atlantiques. Les archives contemporaines montrent la prise en compte du traitement de l’eau sur les principaux chantiers du département : les sites de forages de la SNPA (Société nationale des pétroles d'Aquitaine) à Abos et Lacq (1798 W 3) ou le creusement du tunnel du Somport (2043 W 37).
Enfin, la question de la pollution ne s'arrête pas aux importantes problématiques industrielles.
La qualité des eaux de baignade est un enjeu important pour le tourisme sur la côte basque, comme le prouvent les archives communales d'Hendaye (E dépôt Hendaye 1 O 109). Divers documents datant des années 1970 et 1980 rendent compte des résultats de prélèvements d'eau de mer effectués à diverses périodes, estivales ou non et attestent de la présence de bactéries et germes divers (germes coliformes, escherichia coli, streptocoques fécaux) dans des proportions plus ou moins concentrées… et plus ou moins pathogènes. Gare à la tasse !
D’autres activités ont des effets néfastes sur sa qualité, comme l’agriculture (par les infiltrations dans les nappes phréatiques des engrais et produits phyto sanitaires ou leur présence dans les eaux de surface via le lessivage des sols) ou tout simplement notre vie quotidienne (eaux usées). L’eau est un bien commun. Nous en sommes tous responsables, cela devrait couler de source…