Historique de conservation

Le Trésor des chartes est constitué de plusieurs fonds, chacun correspondant à une seigneurie (voire un royaume dans le cas de la Navarre) : vicomté de Béarn, domaine d’Albret, comté de Foix, etc. Une synthèse complète et détaillée sur l’historique de la conservation des différents fonds reste à faire.  
Par exemple, l’on sait que les vicomtes de Béarn conservaient leurs archives dans le château d’Orthez, d’où elles furent transférées au château de Pau vers le milieu du XVè siècle. Les archives du comté de Périgord étaient gardées au château de Montignac (Dordogne), avant d’être transférées au château de Nérac (Lot-et-Garonne) à la fin du XVIè siècle et enfin au château de Pau au début du XVIIIè siècle. Des archives du royaume de Navarre furent emportées de Pampelune à Pau au début du XVIè siècle.
Le château de Pau fut en tout cas à partir du XVè siècle le lieu de rassemblement progressif des fonds du Trésor des chartes. À l’époque moderne, les documents étaient vraisemblablement placés dans la tour carrée du château, répartis dans des armoires qui correspondaient chacune  à un domaine.
Mais des sources du XVIIIè siècle témoignent de leur conservation dans une salle obscure, où ils eurent à souffrir d’une extrême humidité (causée entre autres par la fuite des latrines de la prison située juste au-dessus…). Nombre d’entre eux furent irrémédiablement endommagés.  On sait aussi qu’au début du XIXè siècle, les documents étaient en parfait désordre.

Leur transfert en 1835 aux Archives départementales, alors installées à la préfecture, constitua un progrès et fort heureusement, l'incendie de 1908 ne les toucha pas.
À partir du Second Empire, le Trésor des chartes, comme les autres fonds anciens, a été peu à peu conditionné dans de grandes boîtes en carton. Cependant, certains documents furent restaurés selon les techniques propres au XIXè siècle, que l’on n’utilise plus aujourd’hui. Sur d’autres, fut appliqué un révélateur permettant de faire ressortir l’encre pâlie. On en constate toujours le résultat, hélas : la réaction chimique a bruni le parchemin ou le papier et l’écriture est partiellement ou totalement illisible.
Enfin, l’implantation des Archives départementales au Parlement de Navarre, en 1929, permit au Trésor des chartes – comme à d’autres fonds bien entendu – d’être enfin conservé dans des conditions convenables.